Baummikrohabitate
freiliegendes Splintholz
Pilzfruchtkörper
Risse und Spalten im Stamm
Spechthöhle im abgestorbenen Stamm
Höhle am Stammfuß
stark zersetzter Baum
Baummikrohabitate bieten besondere mikroklimatische Lebens- und Umweltbedingungen, was stark von ihrer Form und ihren Eigenschaften abhängt, wie zum Beispiel ihrer Größe, der Lage im Baum, dem Grad der Holzzersetzung und der Besonnung. Große Unterschiede findet man da auf einem lebenden oder toten Baum.
Die Mehrzahl der Arten oder Artengemeinschaften kommen lediglich auf bestimmten Baummikrohabitaten vor. Je grösser daher die Vielfalt an Baummikrohabitaten innerhalb eines Baumbestandes ist, desto mehr Organismen können darin geeigneten Lebensraum finden. Sind Baummikrohabitate in großer Anzahl vorhanden, können die darauf angewiesenen Arten neue Habitate leichter besiedeln, da sie nur von begrenzter Lebensdauer sind und in entsprechender Reichweite liegen müssen.
Höhlen sind Löcher, Vertiefungen oder geschützte Stellen im Holzkörper, die feucht oder trocken, mit Mulm gefüllt sind oder auch nicht. Sie liegen am Stammfuß, im Stamm oder im Kronebereich. Beispiele dafür sind Insektengänge und Bohrlöcher, Spechthöhlen, sowie Mulmhöhlen, wobei deren Bedeutung für die Artenvielfalt besonders hoch ist.
Mulmhöhlen sind Höhlen im lebenden Baum. Sie können in verschiedenen Baumarten entstehen. Voraussetzung sind Verletzungen wie Astabbrüche, Rindenschädigung oder Spechthöhlen. Hier können verschiedene Organismen wie Bakterien, Pilze und Insekten eindringen und das Holz zersetzen. Durch die Aktivitäten der unterschiedlichen Organismen sammelt sich auf dem Boden dieser Höhlen ein Lockersubstrat: der sogenannte Mulm. Die Höhlen bilden sich über viele Jahrzehnte und können sehr langlebig sein, abhängig von der Baumart. Häufig dienen sie Fledermäusen als Rast- und Ruheplätze, können aber auch von anderen kleinen und größeren Säugetieren, Echsen, Amphibien und Vögeln bewohnt werden. Überlebenswichtig sind solche Höhlen für den stark bedrohten Juchtenkäfer (Osmoderma eremita).
Stammverletzungen entstehen entweder auf natürlichem Weg durch mechanische Einwirkung wie Steinschlag, Stamm- oder Kronenbruch durch Wind, Eis oder Schnee, aber auch durch Blitz, Frost oder Waldbrand. Auch bei der Schlägerung kann es zur Beschädigung der Rinde kommen. Risse im Holz und Rindentaschen sind besonders wichtig für Fledermäuse, die unter der Rinde und in Spalten ihre Tagesquartiere haben. Stammverletzungen und freiliegendes Splint- oder Kernholz erleichtern vielen Erstbesiedlern wie Pilzen oder holzabbauenden Insekten den Zugang.
Tote Äste im Kronenbereich bilden das Kronentotholz, dass aufgrund seiner sonnenexponierten Lage meist warmtrockene Lebensbedingungen aufweist und daher einen hervorragenden Lebensraum für Wärme und Trockenheit liebende Käfer bietet, welche wiederum Vogelarten als Nahrung dienen. Auch verschiedene Pilze wie der Gemeine Spaltblättling (Schizophyllum commune) oder der Rostbraune Feuerschwamm (Phellinus ferruginosus) sowie Flechten wie die Floh-Kuchenflechte (Lecanora pulicaris) sind von diesen Lebensraumbedingungen abhängig.
Wucherungen entstehen meist durch reaktives Wachstum infolge eines Angriffs durch Parasiten oder Mikroorganismen, indem der Baum spezifische Strukturen bildet, um den Krankheitserreger zu isolieren (z.B. Krebs, Maserknollen und Hexenbesen). Dazu gehören auch Wasserreiser, die sich nach erhöhter Lichteinwirkung bilden können.
Feste und schleimige Pilzfruchtkörper wie die des Echten Zunderschwamms (Fomes fomentarius) sind der sichtbare Teil von holzbewohnenden Pilzen oder pilzähnlichen Organismen wie Schleimpilzen (Myxomyceten). Sie stellen eine Nahrungsquelle dar für spezialisierte Insekten und mykophage Pilze (leben selbst von anderen Pilzen). Der Rotfleckige Faulholzkäfer (Tritoma bipustulata) und der Schwarzkäfer (Bolitophagus reticulatus) ernähren sich ausschließlich von Pilzhyphen und -sporen.
Zu epiphytischen (auf anderen Pflanzen wachsend) oder parasitischen Strukturen zählen Moose, Flechten, Farne, Efeu oder Misteln sowie Nester von Wirbeltieren und Wirbellosen. Der Baum dient dabei nur als Substrat oder Gerüst, auf dem sich das Mikrohabitat befindet. Moose und Flechten beherbergen zahlreiche Insekten, die Vögeln insbesondere im Winter als Nahrung dienen.
Ausflüsse sind aktive Saft- oder Harzflüsse, die oft durch Verletzungen entstehen. Hirschkäfer (Lucanus cervus) lecken gerne den zuckerhaltigen Saft von Eichen. Auch Schmetterlinge profitieren davon. Zudem wachsen bestimmte Flechtenarten bevorzugt an solchen Stellen.